Во время вегетации доза и способы применения «ГуматЭм» зависят от потребности растений. Например, такие культуры, как укроп, петрушка, салат, лук, редька, редис и щавель требуют малое количество питательных веществ. Поэтому их достаточно полить 3-4 раза за лето (1 колпачок на ведро воды, используя 4-5 л на 1 кв. метр).
Огурцы и томаты относятся к растениям со средней потребностью в элементах питания. Их поливают при высадке рассады и далее 1 раз в две-три недели. При этом томаты, если после посадки растения начинают жировать (у них утолщается стебель и крупные листья), не подкармливают под корень, а только опрыскивают цветочные кисти.
Все виды капуст, перец, морковь, свекла, кабачки и патиссоны требуют высокого уровня питательных веществ, поэтому их можно подкармливать 1 раз в неделю.
Для плодовых и плодово-ягодных культур рекомендуют некорневые обработки «ГуматЭм» не менее 6 раз за сезон: до распускания листьев, в фазу бутонизации, после цветения, при закладке цветочных почек и дважды в фазе интенсивного роста плодов.
Древесные саженцы обрабатывают при пересадке, замачивают концы черенков в течение суток, опуская их на одну треть в раствор  при температуре не ниже 20 градусов, а затем поливают через неделю после посадки.
В этом случае гуматы активизируют деятельность различных групп микроорганизмов, участвующих в процессах мобилизации питательных веществ в почве. Гуминовые кислоты являются для микроорганизмов источниками доступных фосфатов и углерода, способны образовывать агрегаты в почве, на которых происходит усиленное развитие колоний микроорганизмов.
Внесение «ГуматЭм», приготовленного на основе раствора эффективных микроорганизмов улучшает обеспеченность почвы усвояемым азотом: численность аммонифицирующих бактерий может возрастать в 3-5 раз, нитрифицирующих – в 3-7 раз. За счёт улучшения условий жизнедеятельности свободноживущих бактерий почти в 10 раз возрастает их способность к фиксации молекулярного азота из атмосферы.
С тяжелыми металлами гуматы образуют нерастворимые и малоподвижные комплексы, которые таким образом выводятся из круговорота веществ и не попадают в растения, грунтовые воды и атмосферу.
Гуматы активизируют механизм детоксикации различных органических загрязнителей (нефтепродукты, ядохимикаты и т.п.) почвенными микроорганизмами;
Защитное (протекторное) действие гуминовых веществ особенно важно для почв с повышенной техногенной нагрузкой: подверженных влиянию выбросов предприятий цветной и черной металлургии, в районах добычи нефти, вблизи крупных автомагистралей, при использовании пестицидов и агрохимикатов и т.п.